本作故事的開頭，主角一行人來到了廣大空之世界中名為「傑加格蘭迪空域」的區域。

在此處邂逅以強大力量守護著各島嶼的「星晶獸」，以及在該空域裡暗中活動的神祕組織「阿維亞教團」——經歷許許多多的相遇之後，

最終眾人將在冒險中面臨牽動整個空域的戰鬥和陰謀，並挑戰命運帶來的巨大考驗。